Saddam bị phát hiện trốn trong một nông trại ở Dawr vào tháng 12/2003. Ba năm sau, vào ngày 30/12/2006, Saddam bị xử tử sau một phiên tòa chớp nhoáng được tổ chức bởi chính phủ mới tại Iraq do Mỹ thành lập.

Theo lời kể của Alaa Namiq, người đã giúp đỡ Saddam ẩn náu tránh sự truy lùng của quân Mỹ và cũng là cận vệ cuối cùng, thì trong hầm trú ẩn, Saddam đã dành nhiều thời gian để đọc sách và viết, bao gồm cả văn và thơ ca. Saddam cũng từng ghi âm mấy bài phát biểu với nội dung cổ động người dân đứng lên chống Mỹ. Sau này, Namiq được người dân ở Dawr coi như một anh hùng vì việc không ngại hiểm nguy để che chở cho Saddam. Namiq nói: “Saddam biết, rồi sẽ có một ngày ông bị bắt và bị hành quyết. Ông biết tất cả đã mất rồi, ông đã không còn là Tổng thống, cho nên ông triển khai một cuộc thánh chiến chống lại những kẻ chiếm đóng. Vì đất nước, ông ấy đã hy sinh tất cả của bản thân, trong đó có cả hai người con trai của ông”[9].

Mowaffak al-Rubaie, cựu cố vấn an ninh quốc gia Iraq, cho biết: việc xử tử Saddam được định đoạt sau một cuộc nói chuyện qua video giữa Thủ tướng Iraq mới là Maliki và tổng thống Mỹ khi đó, George Bush. “Quý vị sẽ làm gì với tên tội phạm này?” - Bush hỏi. “Chúng tôi sẽ treo cổ ông ta”, Maliki đáp. Rồi Bush giơ ngón tay cái lên, bày tỏ đồng ý và tán thưởng[10].

Saddam Hussein tự bào chữa trong phiên tòa xử mình

Nhóm luật sư bảo vệ Saddam cũng tố cáo chính phủ Iraq đã can thiệp vào phiên toà. Một luật sư Mỹ cũng chỉ trích thời gian toà đưa ra tuyên án, bởi nó chỉ cách ngày bầu cử giữa nhiệm kỳ của Mỹ vài ngày, cuộc bầu cử mà Đảng Cộng hoà của Tổng thống Bush có nguy cơ mất Quốc hội vào tay Đảng Dân chủ vì cuộc chiến ở Iraq. Khali al-Dulaimi, trưởng đoàn luật sư biện hộ cho biết: "Ông ấy hoàn toàn không quan tâm gì tới bản án. Sự thật, phiên toà này là một trò hề và đầy nhạo báng".

Cựu nhân viên tình báo John Nixon khi thẩm vấn ông đã rồi nhận ra rằng mọi thứ họ biết về ông qua truyền thông phương Tây đều không đúng. Hồ sơ của CIA về Saddam nói rằng ông là "kẻ nói dối kinh niên" nhưng thực ra ông lại rất thẳng thắn. Khi Nixon hỏi về việc ông Saddam dùng vũ khí hóa học ở thành phố Halabja của người Kurd trong cuộc chiến tranh Iran - Iraq, ông trở nên giận dữ: "Tôi không sợ anh hay tổng thống của anh. Tôi sẽ làm những điều mà tôi phải làm để bảo vệ đất nước tôi. Nhưng tôi đã không đưa ra quyết định đó".

Trong các cuộc thẩm vấn, Saddam cáo buộc người Mỹ là "một đám du côn ngu dốt", "Không có tinh thần lắng nghe và thấu hiểu" và có ý đồ hủy diệt đất nước Iraq. Saddam còn khẳng định lực lượng Mỹ sẽ không suôn sẻ ở Iraq. Khi John Nixon hỏi tại sao Saddam lại cảm thấy thế, ông trả lời: "Không dễ dàng để cai trị Iraq như vậy đâu. Các ông (Mỹ) không hiểu ngôn ngữ, lịch sử, và suy nghĩ của người Ả Rập. Rất khó để hiểu người dân Iraq mà không biết về lịch sử và thậm chí thời tiết của đất nước này”. Lịch sử đã chứng minh Saddam nói đúng[11]

Will Bardenwerper, người được giao nhiệm vụ giám sát Saddam Hussein trong tù, viết: Saddam là người cư xử rất nhẹ nhàng tình cảm với những người lính cai ngục và hết sức lịch sự. Ông hay kể những câu chuyện về gia đình mình. Saddam rất thích ngồi ở khu vực giải trí dành riêng bên ngoài phòng giam và thích tưới cây, ông rất gần gũi với những người lính cai ngục Mỹ và họ đã coi Saddam như người bạn thân thiết. Hình ảnh của ông hoàn toàn trái ngược với một nhà độc tài mà truyền thông phương Tây thường mô tả: "Có lẽ điều kỳ lạ nhất là tất cả những người lính Mỹ được giao nhiệm vụ cai quản Saddam đều thương tiếc khi ông bị tử hình, mặc dù ông được coi là kẻ thù của nước Mỹ."

Tường thuật lại thái độ của ông Saddam Hussein trước khi toà tuyên án, hãng Reuters nhận xét: Trước cái chết, Saddam Husein tỏ ra khinh thường án tử hình khi ông tuyên bố không sợ chết và kêu gọi Mỹ hãy rút quân về nước như họ đã từng làm tại Việt Nam. Các luật sư của ông Saddam cho biết họ đã nói chuyện một cách vui vẻ với ông suốt hơn 3 giờ đồng hồ ngay trước khi toà tuyên án tử hình. Chủ đề là về tình hình bạo lực tại Iraq và việc Mỹ sắp thua trong cuộc chiến tại đây. Saddam tỏ ra không quan tâm tới việc phiên toà sẽ diễn ra thế nào, ông chủ yếu tập trung vào tình hình đất nước và tỉ lệ binh lính Mỹ thiệt mạng ngày càng gia tăng tại Iraq.

Các luật sư thuật lại lời của ông Saddam tại toà: "Tôi không cảm thấy một chút sợ sệt. Tôi sẽ chết một cách vinh quang, trong niềm tự hào của dân tộc và quốc gia Ả-rập thân yêu của tôi, nhưng những kẻ xâm lược Mỹ sẽ phải rút quân về nước trong sự bẽ mặt và thất bại”. Cũng tại phiên toà, khi được một luật sư chuyển cho cuốn sách "Những năm tháng của tôi tại Iraq: Nỗ lực để xây dựng một tương lai hy vọng" do một quan chức Mỹ viết để ca tụng những gì người Mỹ làm được ở Iraq, Saddam chỉ nói: "Tôi có thể nhìn thấy Mỹ đang chìm dần trong bãi lầy Iraq, giống những gì đã xảy ra tại Việt Nam". Theo hãng BBC, Saddam Hussein nói mình sẵn sàng chết và coi đó như là "sự hy sinh cho Iraq", bên cạnh đó ông kêu gọi người Iraq đoàn kết chống lại kẻ thù. Trong một lá thư, Ông Saddam Hussein viết: "Tôi sẽ hy sinh. Nếu ý nguyện của đấng tạo hóa là chuyện này, ngài sẽ đưa tôi vào danh sách những người tử vì đạo chân chính".

Những ngày cuối cùng của cuộc đời, Saddam Hussein làm thơ cuối cùng - nguồn an ủi mà ông thường tìm đến trong những lúc khó khăn. Bài thơ bắt đầu bằng lời ca ngợi tình yêu của bản thân ông đối với nhân dân, rồi sau đó là sự cảnh báo những kẻ ngoại bang và những người Iraq thân Mỹ đang nắm quyền ở nước này:

Hãy trải lòng mình.Tâm hồn người là bạn của tôi, tâm hồn người là tình yêu của tôi.Đối với trái tim tôi, không nơi nào ấm áp bằng tâm hồn người....Kẻ thù cõng ngoại bang giày xéo xã tắc chúng ta.Chúng sẽ phải than khóc.Đây ta phơi lồng ngực trước bầy sói.Không run sợ trước lũ thú cuồng bạo.Ta hy sinh tâm hồn này cho Người và Tổ quốc.Máu ta sẵn sàng đổ những lúc khó khăn.

Ông Rezgar Mohammed Amin, thẩm phán chủ tọa phiên tòa xét xử cựu Tổng thống Saddam Hussein, đã từ chức năm 2006 sau vài phiên xét xử. ông quyết định từ chức là do việc xét xử không công bằng, không dựa trên luật pháp Iraq cũng như luật pháp quốc tế, đồng thời ông luôn luôn bị sức ép từ phía chính phủ Iraq và chính quyền Mỹ. Ông nói: nếu Saddam Hussein được xét xử tại tòa án hình sự quốc tế thì ông sẽ không bị án tử hình, và nếu xử theo luật Iraq thì Saddam Hussein cũng không phải chịu án tử hình. Phiên tòa không được truyền hình trực tiếp mà phải qua người Mỹ ngồi phòng bên cạnh kiểm duyệt, cắt bỏ các đoạn Saddam Hussein nói về những vấn đề mà Mỹ không thích.

Saddam bị tử hình vào ngày 30/10/2006, đó lại là ngày đầu tiên của lễ Al-Edha thiêng liêng của đạo Hồi. Luật Iraq cấm tử hình bất cứ người nào vào những ngày lễ tôn giáo và dịp quốc khánh, nhưng chính phủ Iraq và Mỹ đã không tôn trọng điều này. Ông Amin cho rằng việc tử hình Saddam Hussein vào ngày đó là một sự trả thù[12].

Mowaffak al-Rubaie, một nhân chứng của vụ tử hình, kể rằng Saddam vẫn rất mạnh mẽ, hiên ngang cho tới những giờ phút cuối cùng trước khi bị hành quyết và không bao giờ nói hối tiếc. Saddam Hussein không hề nghĩ đến cái chết đang cận kề mà chỉ coi vụ hành hình là một vở diễn cuối trong cuộc đời mình. Ông tỏ ra tự hào về những di sản của mình, và chỉ băn khoăn rằng mọi người sẽ nhớ tới mình như thế nào sau này:

Ông ấy mặc áo khoác và áo sơ-mi trắng, tỉnh táo và thư giãn, tôi không hề thấy dấu hiệu sợ hãi nào. Tôi không nghe thấy ông ấy nói gì về việc hối tiếc hay sự thương xót, tha thứ của Chúa trời, hoặc xin được ân xá. Một người sắp chết thường nói: "Xin Chúa trời hãy tha thứ cho những tội lỗi của con, con đang về với người". Nhưng ông ấy không hề nói điều gì như thế...Khi tôi đưa Saddam vào, ông ấy đang bị còng tay và cầm một quyển Kinh Koran. Khi người ta tuyên đọc hàng loạt tội danh, Saddam đáp lại: "Đả đảo Mỹ! Đả đảo Israel! Palestine muôn năm! Đả đảo đế quốc Ba Tư!”

Khi vào phòng xử tử, Saddam dừng lại, nhìn vào giá treo cổ rồi nói: “Các người thấy đấy, thứ này là dành cho những người đàn ông, tôi là một người đàn ông đích thực, dám làm và dám hy sinh, tôi tự hào vì mình là một trong những người đàn ông như thế"[13].

Có một vài cảnh sát hỏi: "Tại sao ông lại gây biết bao đau khổ cho chúng tôi? Chúng ta là một dân tộc giàu có, nhiều tài nguyên, tại sao ông lại gây ra ngần ấy cuộc chiến tranh, tại sao?" Saddam trả lời ông không gây chiến với bất cứ ai: "Tôi chỉ chiến đấu chống lại kẻ thù của Iraq là người Ba Tư và Mỹ. Trước đây các anh là những người chân đất, không có giày dép mà đi, không có sữa mà uống, tôi là người đã mang lại cuộc sống ấm no cho các anh, tôi đã làm cho các anh trở thành con người"[12].

Đao phủ đề nghị trùm lên đầu ông một cái túi màu đen cho đỡ sợ nhưng ông từ chối, điều này chứng tỏ ông không sợ chết. Câu nói cuối cùng của ông trước khi bước lên bậc thang dẫn đến sợi dây treo cổ: Hãy để cho đứa con trai của tôi và những người này, người nọ được sống. Sau đó ông bước lên nơi đặt chiếc giá treo cổ một cách tự nhiên, không có bất cứ dấu hiệu do dự hoặc sợ hãi nào.

Khi được nói câu cuối cùng, Saddam Hussein bắt đầu ngân nga một câu kinh Hồi giáo, rằng "Không có Chúa trời nào khác ngoài Đấng Alah, tôi thừa nhận rằng Mohammad là sứ giả của Đấng Alah. Không có Chúa trời nào khác ngoài Đấng Alah, tôi thừa nhận rằng Mohammad..." - ông chưa kịp đọc hết lời cầu nguyện thì đao phủ đã giật tấm ván cho ông rơi xuống giá treo cổ.